Σκοπός του προγράμματος είναι η εκπαίδευση των συμμετεχόντων/ουσών στην γλώσσα Python, με επίκεντρο την επεξεργασία και τη Βιοπληροφορική ανάλυση βιολογικών δεδομένων. Οι εκπαιδευόμενοι/ες αρχικά θα εξοικειωθούν με τις απαραίτητες έννοιες της Μοριακής Βιολογίας και τα δεδομένα που παράγονται, ώστε να είναι δυνατή ή περαιτέρω επεξεργασία τους. Τον κεντρικό πυρήνα αποτελεί η εκμάθηση της γλώσσας Python με έμφαση στις ιδιαιτερότητες της γλώσσας, τις βασικές δομές, τις συναρτήσεις, την επεξεργασία αρχείων που οδηγούν στην ανάπτυξη προγραμμάτων βιοπληροφορικού ενδιαφέροντος.

Τα δεδομένα αποτελούν τον θεμέλιο λίθο της Βιοπληροφορικής ανάλυσης. Θα παρουσιαστούν οι δημοφιλέστερες προγραμματιστικές μέθοδοι προσπέλασης και ανάκτησης δεδομένων στα αποθετήρια βιολογικών δεδομένων (NCBI,ENSEMBL,UCSC κ.α) από τις εν λόγω βάσεις με τη χρήση βιβλιοθηκών Python αλλά και βοηθητικών προγραμματιστικών διεπαφων (APIs) που διαθέτουν.

Τα δεδομένα είναι αποθηκευμένα σε πλήθος διαφορετικών γραμμογραφήσεων (format). Οι εκπαιδευόμενοι/ες θα γνωρίσουν τις κυριότερες γραμμογραφήσεις αρχείων αποθήκευσης βιολογικών δεδομένων (SRA, FASTA, SAM, BAM, BED, VCF, GFF, GTF κτλ) . Θα παρουσιαστεί αναλυτικά ο προγραμματιστικός τρόπος και τεχνικές ανάγνωσης/ επεξεργασίας/ τροποποίησης/αποθήκευσης αυτών των τύπων αρχείων.

Επιπλέον, οι συμμετέχοντες/ουσες θα γνωρίσουν:

Α)Το λειτουργικό σύστημα Linux. Θα παρουσιαστούν οι απαραίτητες γνώσεις και εντολές για την εργασία στα κελύφη (shells), τη διαχείριση/επεξεργασία αρχείων βιοπληροφορικής και την εγκαθίδρυση βιοπληροφορικών ροών.

Β)Το περιβάλλον ανάπτυξης Python, Visual_Studio_Code και των απαραίτητων plugins. Επίσης την εγκατάσταση και χρήση του περιβάλλοντος Anaconda και ιδιαιτέρως του καναλιού Bioconda για την εγκατάσταση βιοπληροφορικών βιβλιοθηκών και εργαλείων.

Γ)Βοηθητικά πλαίσια (όπως panda, numpy, bioPython, pySam, pyBigWig κ.α) που ενσωματώνουν λειτουργικότητα για βιοπληροφορικές εργασίες, επιταχύνοντας την υλοποίηση προγραμμάτων.

Δ)Τη δημιουργία διαγραμμάτων στατιστικής απεικόνισης.

Ε)Την κλήση εξωτερικών προγραμμάτων μέσα από Python και την δημιουργία ροών επεξεργασίας πολλαπλών βημάτων.

Ζ) Αλγορίθμους βιοπληροφορικής βασιζόμενους στις αρχές του δυναμικού προγραμματισμού.

Στο πρακτικό τμήμα που συνοδεύει κάθε ενότητα, θα χρησιμοποιηθεί η γλώσσα Python και πλήθος υποστηρικτικών βιβλιοθηκών για την ανάπτυξη του απαραίτητου κώδικα. Όπου απαιτείται θα παρατίθεται  ενδεικτικός λειτουργικός κώδικας